Tahun 1969 telah berdiri Balai Pengobatan Panti Waluyo Purworejo yang diprakarsai oleh beberapa mantri kesehatan dan bidan antara lain:

1. Bp. Masmuhaji Seco
2. Bp. Lukas
3. Bp. Anwar Wiryosumarto
4. Ibu Yusak
5. Ibu Wasis

Serta dibantu oleh beberapa pengusaha daerah:

1. Bp. Budi Santoso
2. Bp. Markus Juanda

Dan didukung oleh para pendeta Gereja Kristen Indonesia serta Gereja Kristen Jawa Purworejo :

1. Pendeta Sim Tjing Ling
2. Pendeta Noteboom

Balai Pengobatan ini bertempat di Gedung Kuning tepatnya di Jl.Madyakusuman No. 43 Purworejo (Jl. dr.Setia Budi yang sekarang digunakan sebagai SMK Kristen Penabur Purworejo). Dengan kapasitas kamar yang relatif sedikit dan peralatan seadanya serta hanya berpraktek setiap sore 3 x seminggu. Dengan semakin bertambahnya pasien, maka pada tahun 1970 Balai Pengobatan Panti Waluyo pindah ke Jl. Nyi Laos dan mulai bergabung dengan YAKKUM. Saat itu Balai Pengobatan Panti Waluyo dipimpin oleh dokter pengawas, yaitu dr. Priswanto (alm.)

Seiring dengan kebutuhan akan fasilitas rawat inap, maka tahun 1971 dibukalah pelayanan rawat inap sehingga BP Panti Waluyo berubah menjadi BP/RB Panti Waluyo. Pada tahun 1974 untuk pertama kalinya BP/RB Panti Waluyo mempunyai pemimpin unit kerja seorang dokter full timer, yaitu dr. Lanny Setiawan yang bekerja hingga tahun 1980. Dalam masa enam tahun ini dapat dicatat kemajuan-kemajuan berupa peningkatan hubungan dengan instansi pemerintah khususnya dinas kesehatan dan BKKBN. Beberapa kali bersama-sama menyelenggarakan lomba bayi sehat tingkat Kabupaten Purworejo. Juga dilakukan pelayanan peningkatan kesehatan masyarakat (UPKM) ke desa-desa sekitar.

Tahun 1980 dr. Lanny Setiawan berhenti. Beberapa nama dokter yang pernah menggantikannya adalah dr. Sugiyanto, dr. Yohanes, dan dr. Bagyo. Dahulu mayoritas pasien rawat inapnya adalah ibu yang akan melahirkan, tetapi lama kelamaan banyak juga permintaan rawat inap untuk pasien umum. Oleh karena itu, direncanakan untuk menambah fasilitas untuk pelayanan pasien umum.

Kemudian BP/RB Panti Waluyo mendapat hibah tanah di Cangkrep dari Bp. Thomas Sugiyanto. Maka tahun 1985 dibangunlah BP/RB Panti Waluyo di Cangkrep, sehingga BP/RB Panti Waluyo mempunyai 2 tempat pelayanan. Bangunan yang di Cangkrep lebih difungsikan pada pelayanan Balai Pengobatan dengan rawat inapnya, sedangkan yang berada di Jl. Nyai Laos lebih digunakan untuk Rumah Bersalin.

Tahun 1990 pemimpin unit kerja BP/RB Panti Waluyo dipegang oleh dr. Djajanti ND, namun pada tahun 1992 beliau mengundurkan diri. Sehingga dari bulan Januari 1993 sampai dengan Juli 1994 BP/RB Panti Waluyo sempat terjadi kekosongan tenaga dokter.

Bulan Juni 1995 BP/RB Panti Waluyo menerima 1 tenaga dokter dari dewan Pengurus YAKKUM, yaitu dr. Agustinus Prasetyoadi. Disusul 6 bulan kemudian dengan kedatangan dr. Rita R. Sukirto.

Pelantikan Pengurus Yakkum Cabang Periode 1998 - 2003

Tahun 1997, Panti Waluyo mendapat kesempatan untuk memakai tanah klasis GKJ Purworejo beserta bangunan di atasnya, yaitu eks. Pastori Pdt. Dibyo Sumitro dan gedung eks. Koperasi Serba Usaha Penyadar yang berlokasi di Jl. A. Yani No. 21 Purworejo. Maka diputuskan BP/RB Panti Waluyo yang berada di Jl. Nyi Laos dijual dan berpindah ke Jl. A. Yani yang lokasinya lebih strategis karena berada di tepi jalan besar. Sehingga pelayanannya sekarang ada di Cangkrep dan Jl. A. Yani No. 21. Dana dari hasil penjualan BP/RB di Nyi Laos ditambah dengan bantuan para donatur, digunakan untuk biaya perubahan dari HGB menjadi sertifikat hak milik (sisanya kelak digunakan untuk pembangunan kamar operasi dan instalasi gawat darurat, setelah berubah menjadi rumah sakit).

Seiring dengan perkembangan zaman, Panti Waluyo berusaha berubah dari BP/RB menjadi sebuah rumah sakit. Maka pada awal tahun 1998 ddidapatlah ijin operasional sementara untuk RS Panti Waluyo di Jl. A. Yani.

Tahun 2000, dr. Rita R. Sukirto mengundurkan diri, digantikan oleh dr. Agus Legowo pada awal tahun 2001. Ijin operasional yang tetap, terus diupayakan dan akhirnya pada tahun 2002 didapatlah Ijin Operasional Tetap dari Departemen Kesehatan Jakarta.

Beberapa nama pengurus cabang yang pernah melayani di RS Panti Waluyo adalah :

1. Bp. Mas Muhadji Setjo
2. Bp. Pdt. Dibyo Sumitro
3. Bp. Thomas Sugiatno
4. Bp. Subroto
5. Bp. Budi Andoko
6. Bp. Sardjo
7. Bp. Sumardjo
8. Bp. Anwar Wiryosumarto
9. Bp. Budi Sentoso
10. Bp. Lukas
11. Bp. Markus Djuanda
12. Bp. Pdt. Noto Boom
13. Bp. Pdt. Sim Tjing Ling
14. Bp. Mardi Siswoyo
15. Bp. Lukas Setiawan
16. Bp. Lewi Sulisto
17. Bp. Hundoyo
18. Bp. Solekan
19. Bp. Sugiyono
20. Bp. Windiadi
21. Bp. Didik Hadi Prayitno
22. Bp. Wibowo Hadi Sarwo
23. Ibu Prasekti Sutono

Pada tahun 2003, masa jabatan dr. Agustinus Prasetyoadi habis dan digantikan dr. Poedyo Krethartho, M.Kes. (alm). Pada tanggal 1 April 2006, drg. GS Widyantoro diangkat menjadi Direktur Rumah Sakit Panti Waluyo Purworejo menggantikan dr. Poedyo Krethartho, M.Kes. (alm). Pada masa ini penambahan demi penambahan fasilitas terus dilakukan.

Tahun 2011, drg. GS Widyantoro purna tugas dan digantikan oleh dr. Regowo, M.Kes hingga sekarang. Upaya pengembangan terus dilakukan, antara lain dengan terakreditasinya RS Panti Waluyo Purworejo untuk 5 bidang pelayanan tahun 2011 dan penetapan kelas oleh Kementerian Kesehatan sebagai rumah sakit tipe D pada tahun 2013.